Allenatore dal 1994 in quel di Empoli, prima di guidare l'Inter allena per tre anni l' Empoli, poi Sampdoria e Venezia. Nel 2000 guida l' Udinese, per poi passare all' Ancona e tornare all' Udinese nel 2002. Nel 2005 viene chiamato dalla Roma dove resta fino al 2009, dal 2009 al 2014 allena lo Zenit San Pietroburgo poi a gennaio 2016 torna alla Roma dove sostituisce l'esonerato Rudi Garcia. Allenatore dell' Inter nella stagione 2017/18 e in quella successiva, conquista due qualificazioni in Champions League.

Stagione	Competizione	V	N	P	Piazzamento
2017/18	Campionato	20	12	6	quarto posto
	Coppa Italia	0	1	1	quarto di finale
2018/19	Campionato	20	9	9	quarto posto
	Coppa Italia	1	1	0	quarto di finale
	Champions League	2	2	2	elimin. girone
	Europa League	2	1	1	ottavo di finale